Истоки конкурса имени Стасиса Вайнюнаса – республиканские конкурсы юных пианистов, которые с 1965 г. каждых два года проводились в Вильнюсе. Главный организатор – кафедра фортепиано литовской государственной консерватории. Одним из инициаторов конкурса был Стасис Вайнюнас — знаменитый литовский композитор, отличный концертирующий пианист, педагог. Он — первый литовец ставший лауреатом международного конкурса. В 1933 г. в Вене он получил восьмое место (из 252 пианистов), заслужил диплом чести и право называться лауреатом.

С целью увековечить память Стасиса Вайнюнаса, поощряя его композиционное наследие, республиканский конкурс юных пианистов был назван по имени этого композитора. В 1989 году произошёл первый республиканский конкурс высших и средних школ имени Стасиса Вайнюнаса для пианистов, в 1991 году — второй республиканский конкурс имени Стасиса Вайнюнаса. В 1993 году конкурс стал международным, его организовало Министерство культуры Республики Литвы. С 2006 г. в конкурсе соревнуются пианисты и камерные ансамбли. В 2011 году конкурс стал членом фонда Alink-Argerich.